A história desenrola-se em Neo-Tóquio, uma cidade de Tóquio reconstruida (sobre o que é hoje a Baía de Tóquio) depois de ter sido destruída na III Guerra Mundial. Segundo vem depois a constar, a III Guerra Mundial foi (supostamente) iniciada pelo crescimento incontrolável de poderes sobrenaturais de uma criança chamada Akira, que foi registrado num programa governamental secreto de pesquisa. No tempo real do enredo, 30 anos depois da III Guerra Mundial, uma gang de motoqueiros liderados por Kaneda é envolvido numa luta com a gang rival, quando o membro mais novo do gang de Kaneda, Tetsuo, colide numa auto-estrada com uma criança misteriosa que havia escapado do programa de investigação psíquica secreta do governo. Tetsuo é depois levado pelos responsáveis deste programa governamental juntamente com a criança, e é sujeito às mais diversas experiências. O incidente com a criança misteriosa bem como os testes realizados acordaram os poderes latentes de Tetsuo, com desastrosas consequências tanto a nível pessoal, bem como conflitos interpessoais com os seus amigos, e a nível mais amplo, uma vez que Neo-Tóquio é novamente ameaçada por outro incidente.
Akira, gira em torno da ideia básica de indivíduos com poderes sobre-humanos, em particular as capacidades psicocinéticas, mas grande parte da história não se concentra apenas nestas capacidades, mas sobretudo nas pessoas envolvidas, problemas sociais e políticos. O comentário social não é particularmente profundo ou filosófico, mas sobretudo um olhar crítico sobre a alienação da juventude, a ineficiência e corrupção do governo, e um sistema militarizado, desagradado com os compromissos da sociedade moderna.
